‘Sinaia Dobrogei’, așa cum a fost numit orașul Babadag datorită așezării sale la poalele dealurilor împădurite Coiun Baba (tradus din limba turcă: tatăl oilor), Sultan Tepe (dealul Sultan) și Ianik Bair (dealul aer), face parte din istoria milenară și zbuciumată a Dobrogei, așezată la răscrucea a două drumuri importante din punct de vedere geografic strategic: drumul care unea Marea Nordului cu Marea Neagră și care străbătea Europa Centrală și drumul care unea porturile Meditarenei orientale cu porturile pontice.
Atunci când vorbim de istoria Babadagului, vorbim în primul rând de istoria de trei milenii a regiunii Dobrogea, istorie atestată de bogatele descoperiri arheologice de pe tot cuprinsul regiunii și de scrierile unor mari istorici greci precum Strabon despre Pontul Euxin la Marea Neagră, un teritoriu misterios cu credințe barbare, despre care se spunea că ascunde bogății fabuloase.
Săpăturile arheologice efectuate în zona Babadagului au scos la lumină rămășițe ale celei mai vechi așezări întărite de pe teritoriul orașului, urme ale culturii Hallstatt din perioada 1100-700 î.Hr.
Între sec. I-VII d.Hr., Dobrogea a fost sub ocupație romană, o dovadă în acest sens fiind o inscripție din vremea Imperiului Roman, care menționa existența în anul 178 a unei așezări cu statul pre-urban, numită Vicus Novus. Presupusele ruine ale acestei așezări cu dezvoltare aproape urbană (s-au descoperit conducte pentru apă încastrate în zidăria construcțiilor) se găsesc astăzi în sudul localității Babadag, la ieșirea înspre Constanța. Conform unilor istorici, aceasta este prima atestare a orașului Babadag, care a fost identificat cu această așezare romană antică, Vicus Novus.
1263 este anul din care datează prima atestare documentară a orașului Babadag și de asemenea anul din care este cunoscută prezența turcilor la Babadag. Potrivit unei legende, întemeietorul orașului medieval Babadag ar fi căpetenia unui grup de turci seldgiucizi, pe numele său Baba-Saltuk-Dede, care în anul 1280 și-a adus turmele de caprei și oi și s-a stabilit pe teritoriul Dobrogei cu acordul împăratului bizantin de la acea vreme. Se spune că în perioada ocupației otomane, orașul Babadag a purtat denumirea de Baba Saltuk, care în limba turcă înseamnă ‘Muntele Tatălui’. Orașul este numit Babadag deoarece aici este înmormântat sfântul Saltuk Bei.
Perioada de stăpânire otomană, sec. XV-XIX, a însemnat și perioada cea mai înfloritoare cunoscută vreodată de orașul Babadag, din punct de vedere politic și economic. În această perioadă, odată cu mutarea reședinței Pașei de la Silistra la Babadag între 1677 și 1678, așezarea capătă statut urban și devine centrul administrativ și politic al Dobrogei, fiind cel mai dezvoltat oraș dobrogean.
În sec. XIV, Babadag este atestat ca un centru important pentru depozitarea sării marine colectată din apele lacului Babadag. Din această perioadă datează cele mai importante construcții care pot fi vizitate și astăzi în oraș: geamia turcească ridicată în sec. XVI împreună cu mormântul lui Gazi-Ali-Pașa, mausoleul lui Sari Saltuk Dede construit din porunca sultanului Baiazid în anul 1484 sau Cismeaua Kalaigi.
Declinul centrul urban Babadag s-a produs odată cu declinul Imperiul Otoman care a început cu distrugerile masive suferite în timpul războiului ruso-turc din anul 1771.
De asemenea, orașul Babadag, la fel ca majoritatea celorlalte localități din România, a suferit însemnate pierderi umane și materiale în timpul celor două rzăboaie mondiale. Structura urbanistică a orașului a fost extrem de afectată de politica de industrializare condusă de statul român în perioada postbelică, mărturie stând ruinele fostei fabrici de zahăr care pot fi observate și astăzi în oraș.
